インシリコバイオロジー公式サイト

生物種別の任意の代謝パスウェイを生成し、可視化するソフトウェアです。

機能概要

• ゲノムスケールモデルのロード機能
• 注釈付きゲノム配列データのロード機能
• 代謝パスウェイ描画機能
  • サブシステム別ローカルパスウェイ描画機能
  • 指定した化合物からのパスウェイ伸長
  • 複数のローカルパスウェイを1個のパスウェイに合成する機能
  • 指定した２つの化合物閑の最短パスウェイを検索し、パスウェイ上にルート表示する機能
• 代謝パスウェイ印刷機能（描画したパスウェイをpng形式で画像出力します）

使用データ形式

• ゲノムスケールモデルデータ形式：　XML, Matlab, CSV
• 注釈付きゲノム情報ファイル形式：　GenBank

ソフトウェアの動作環境

• 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

納品形式

• データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

ゲノムスケールモデルと注釈付きゲノム配列データから、GPR:GeneProductRelationを自動あるいは手動で注釈付けするソフトウェアです。

機能概要

• ゲノムスケールモデルのロード機能
• 注釈付きゲノム配列データのロード機能
• ゲノムスケールモデルのReaction情報に対するのGeneProductAssociation関連注釈の解析機能
• 対応する生物種のゲノム情報におけるgene注釈との自動リンク機能
• 複雑なGeneProductAssociationルールを可視化した論理図に変換する機能
• ゲノムスケールモデルに注釈されたgene情報のIDと対応するゲノム背哲情報が対応しない場合に、相同性検索によりIDを対応化する機能

使用データ形式

• ゲノムスケールモデルデータ形式：　XML, Matlab, CSV
• 注釈付きゲノム情報データ形式：　GenBank

ソフトウェアの動作環境

• 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

納品形式

• データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

ゲノムスケールモデル生成や解析に必要なデータを一式取り揃えました。

このデータを使用してEuglena (Euglena gracilis)に関するゲノムスケールモデルを構築することができます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

データ内容

• Euglena代謝モデル基本データ
  • 近縁種モデルデータファイル一式
• 反応データ(Universal Reaction データを含みます）
• 化合物データ(Universal Metabolite データを含みます）
• 相同性検索用Blastデータファイル一式
  • 近縁種ゲノムおよびProtein Non Redundant データファイル一式）
• 各種ID対応表データ
• その他

データ形式

• データはテキスト形式（Excel CSV形式）およびXML形式（SBML形式）で提供されています。

対応ソフトウェア

• このデータは当社が販売するソフトウェアから使用できます（ただし、当データ一式を必要とするソフトウェアのみ）。
• このデータ一式は通常のエディターソフトで閲覧・編集可能です。

納品形式

• データファイルはDVDに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

ゲノムスケールモデル解析に必要なデータを生物種別（属別）に一式取り揃えました。

MDC-GSAOには麹菌（Aspergillus属）の主要なゲノムスケールモデルの代謝反応、代謝物データが含まれています。

特に、A.oryzae とA.nigerのデータを中心に取り揃えています。

データ内容

• Aspergillus属(A.oryzae, A.niger その他） 代謝モデル基本データ
  • 反応データ
  • 化合物データ
  • その他
• Aspergillus 属ゲノムスケールモデル間比較データ
  • AspergillusGSM閑の共通代謝反応データ
  • 特定種（株）に特異的な代謝反応データ
  • コンパートメント別比較データ
  • 代謝物データ
• その他

データ形式

• データはテキスト形式（Excel CSV形式）で提供されます。

閲覧用ソフトウェア

• 提供されるすべてのデータはExcelで閲覧・編集可能です。

納品形式

• データファイルはDVDに格納され、納品されますが、ご希望によりダウンロードも可能です。

代謝反応連鎖トレースツールです。

目的化合物までの生体内反応連鎖をトレースします。

反応連鎖データベースを独自生成しているため、導入後すぐに使用できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2022a 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• 必要データ自動インストール機能
• 反応連鎖データベース生成機能
• 反応連鎖データインポート機能
• 加脱分子による反応連鎖トレース機能

付属データ

• 反応連鎖データベース
• 生体内代謝物データ
• 生体反応データ
• 加脱分子データ

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。ダウンロードも可能です。

このゲノムスケールモデルは、Aspergillus oryzaeに基づき作成されています。

モデルデータはXMLフォーマットおよびSBMLフォーマットで提供されており、付属する解析用スクリプトを利用してあるいは直接MATLAT/CobraToolboxを使用して各種解析を実行することができます。

このゲノムスケールモデルはカスタマイズすることが可能です。

このゲノムスケールモデルのMetabolite ID / Reaction IDはBiGG-IDに基づいています。

製品名称

• ゲノムスケールモデル（BiGG-ID付加済み）：Aspergillus oryzae

製品番号

• MGS-FGAO

対象ゲノム

• Fungi / Aspergillus oryzae

データ形式

• SBML フォーマット
• Excel フォーマット

付属解析ソフトウェア

• このゲノムスケールモデルを解析するためにMATLAB上で動作する解析スクリプトが付属しています。

必要ソフトウェア

• MATLAB
• CobraToolbox

付属情報

• Metabolite ID対応リスト
• Reaction ID対応リスト

納品形式

• ゲノムスケールモデルはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。

GSModelGenerator from RelatedModel (MLC_MGRM) は生物種（株）のゲノム情報から、その生物独自のゲノムスケールモデルを生成します。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
• 動作Platform： MATLAB (2020a 以降）、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます）
• 必要外部ソフトウェア/データベース
  • COBRAToolbox V3.0 （COBRAToolbox は納品されません。別途入手いただきます）
  • SBMLToolbox （SBMLToolBox は納品されません。別途入手いただきます）

モデル生成機能

• 原核生物および真核生物種に対応しています。
• 目的とする生物種株についてのアノテーション付きアミノ酸配列情報を入力データとして使用します。
• 参照するデータは、参照生物種のアミノ酸配列情報、既存ゲノムスケールモデルです。
• 目的とする生物種のゲノムスケールモデルが出力されます。

解析機能

• 自動生成されたゲノムスケールモデルを編集できます。
• 生成されたゲノムスケールモデルのバリデーション解析を実行可能です。
• 生成されたゲノムスケールモデルについてFBA, FVAをはじめとするモデル解析機能を実行可能です。

データ形式

• 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています（一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です）。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

• このソフトウェアはカスタマイズ可能です。

他製品との連携機能

• 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

• データおよび必要なプログラムはDVDあるいはUSBメモリーに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロード納品も可能です。

Gene2RxnConverter (MD_GMRST) は生物種（株）のゲノム情報から、その近縁種を含む多数のゲノムスケールモデルの酵素遺伝子情報を比較し、その生物独自のゲノムスケールモデルに必要な全反応情報を生成します。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.14以降 および Windows 10
• 動作Platform： MATLAB (2019b 以降）、Java8, Python3 (MATLAB, Java8 および python3 は納品されません。別途入手いただきます）
• 必要外部ソフトウェア/データベース
  • COBRAToolbox V3.0 （COBRAToolbox は納品されません。別途入手いただきます）
  • SBMLToolbox （SBMLToolBox は納品されません。別途入手いただきます）
  • Solver (Solver は同梱されません。別途入手いただきます）

変換機能（自動変換・手動変換）

• 原核生物および真核生物種に対応しています。
• 目的とする生物種株についてのアノテーションされているゲノム情報を入力データとして使用します。
• 参照するデータは、参照生物種のアミノ酸配列情報、既存ゲノムスケールモデルです。
• 目的とする生物種のゲノムスケールモデルに使用する反応情報が出力されます。
• 一部の反応については、手動編集する必要があります。

解析機能

• 生成されたゲノムスケールモデルについてはFBA, FVAの実行が可能です。

データ形式

• 使用するデータはすべてテキストフォーマットにて記述されています（一部、圧縮されたデータがありますが、これらはすべてテキスト形式に展開可能です）。このため、通常のテキストエディターで直接編集することができます。

カスタマイズ

• このソフトウェアはカスタマイズ可能です。

他製品との連携機能

• 当社の販売する他製品との連携が可能です。

納品形式

• データおよび必要なプログラムはDVDあるいはUSBメモリーに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロード納品も可能です。

ゲノムスケールモデル生成や解析に必要なデータを一式取り揃えました。

このデータを使用して大腸菌に関するゲノムスケールモデルを構築することができます。

また、作成されたモデルの解析に必要なデータも揃えました。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降）、Python3 (MATLAB, および python3 は納品されません。別途入手いただきます）

データ内容

• 代謝モデル基本データ
• コンパートメントデータ
• 反応データ
• 化合物データ
• 各種ID対応表データ
• その他

データ形式

• データはテキスト形式（Excel CSV形式）で提供されています。
• 他にPython Dic形式の補助データがあります。

対応ソフトウェア

• このデータは当社が販売するソフトウェアから使用できます（ただし、当データ一式を必要とするソフトウェアのみ）。
• このデータ一式はExcelで閲覧・編集可能です。

納品形式

• データファイルはDVDに格納され、納品されます。ご希望によりダウンロードも可能です。

代謝モデルのバイオマス反応（組成）を解析するソフトウェアです。

コンパクトなゲノムスケールモデルを構成する反応を生成できます。

代謝モデルの解析に必要なデータが付属しています。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• バイオマス組成入出力機能
• バイオマス組成からのバイオマス反応生成
• バイオマス組成の代謝物からサブシステム別の反応を生成
• 重複反応の自動除去機能

付属データ形式

• データはテキスト形式（Excel CSV形式）で提供されています。
• 他にPython Dic形式の補助データがあります。

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。

代謝モデルの反応を分類・整理・フォーマット出力するソフトウェアです。

代謝モデルの解析に必要なデータが付属しています。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• ゲノムスケールモデル入出力機能
• 様々な基準による代謝反応の分類機能
• 分類方法を複数のゲノムスケールモデルに適用比較する機能
• 複数GSMの自動分類機能

付属データ形式

• データはテキスト形式（Excel CSV形式）で提供されています。
• 他にPython Dic形式の補助データがあります。

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。

Corynebacterium用の代謝ストリームビューアです。

サブシステム別に代謝ストリームを表示編集できます。

代謝物座標データが付属しているため、使用開始時点でも見やすい代謝ストリームを表示できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• ゲノムスケールモデル入力機能
• 代謝ストリームの表示および編集機能
• 代謝解析データ・代謝実験データのオーバーレイ表示機能
• サブシステム別代謝ストリームの比較機能

付属データ形式

• 代謝物座標データ（XLS形式）
• 他にMap形式の補助データがあります。

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。