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代謝モデル解析ソフトウェア製品

特別注文製品です。汎用製品ではありません。

販売価格についてはお見積りいたします。

MLD_MPVE MetabolicPathwayVisualizer

生物種別の任意の代謝パスウェイを生成し、可視化するソフトウェアです。

 

機能概要

  • ゲノムスケールモデルのロード機能
  • 注釈付きゲノム配列データのロード機能
  • 代謝パスウェイ描画機能
    • サブシステム別ローカルパスウェイ描画機能
    • 指定した化合物からのパスウェイ伸長
    • 複数のローカルパスウェイを1個のパスウェイに合成する機能
    • 指定した2つの化合物閑の最短パスウェイを検索し、パスウェイ上にルート表示する機能
  • 代謝パスウェイ印刷機能(描画したパスウェイをpng形式で画像出力します)

使用データ形式

  • ゲノムスケールモデルデータ形式: XML, Matlab, CSV
  • 注釈付きゲノム情報ファイル形式: GenBank

ソフトウェアの動作環境

  • 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
  • 動作Platform: MATLAB (2022b 以降)

納品形式

  • データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

MLD_GPRA GPRAnnotator

ゲノムスケールモデルと注釈付きゲノム配列データから、GPR:GeneProductRelationを自動あるいは手動で注釈付けするソフトウェアです。

 

機能概要

  • ゲノムスケールモデルのロード機能
  • 注釈付きゲノム配列データのロード機能
  • ゲノムスケールモデルのReaction情報に対するのGeneProductAssociation関連注釈の解析機能
  • 対応する生物種のゲノム情報におけるgene注釈との自動リンク機能
  • 複雑なGeneProductAssociationルールを可視化した論理図に変換する機能
  • ゲノムスケールモデルに注釈されたgene情報のIDと対応するゲノム背哲情報が対応しない場合に、相同性検索によりIDを対応化する機能

使用データ形式

  • ゲノムスケールモデルデータ形式: XML, Matlab, CSV
  • 注釈付きゲノム情報データ形式: GenBank

ソフトウェアの動作環境

  • 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
  • 動作Platform: MATLAB (2022b 以降)

納品形式

  • データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

MSW-MSCT MetabolicStreamChainTracer

代謝反応連鎖トレースツールです。

目的化合物までの生体内反応連鎖をトレースします。

反応連鎖データベースを独自生成しているため、導入後すぐに使用できます。

動作環境

  • 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
  • 動作Platform: MATLAB (2022a 以降) (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます)

機能概要

  • 必要データ自動インストール機能
  • 反応連鎖データベース生成機能
  • 反応連鎖データインポート機能
  • 加脱分子による反応連鎖トレース機能

付属データ

  • 反応連鎖データベース
  • 生体内代謝物データ
  • 生体反応データ
  • 加脱分子データ

納品形式

  • プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。ダウンロードも可能です。

MSW-SVCG MetabolicStreamViewer for Corynebacterium

Corynebacterium用の代謝ストリームビューアです。

サブシステム別に代謝ストリームを表示編集できます。

代謝物座標データが付属しているため、使用開始時点でも見やすい代謝ストリームを表示できます。

動作環境

  • 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
  • 動作Platform: MATLAB (2021b 以降) (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます)

機能概要

  • ゲノムスケールモデル入力機能
  • 代謝ストリームの表示および編集機能
  • 代謝解析データ・代謝実験データのオーバーレイ表示機能
  • サブシステム別代謝ストリームの比較機能

付属データ形式

  • 代謝物座標データ(XLS形式)
  • 他にMap形式の補助データがあります。

納品形式

  • プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。

代謝モデル解析ソフトウェア製品

特注ソフトウェア製品

利用者のニーズに応じたカスタマイズ可能なソフトウェア製品です。

GenomeScaleModel Design Checker

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-DC BK  GSM Design Checker 2営業日  見積いたします

 

GenomeScaleModel Handlers

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-GS EC  GSModel Handler EC 1週間  見積いたします
 MLC-GS CG  GSModel Handler CG 1週間  見積いたします
 MLC-GS AF  GSModel Handler AF 1週間  見積いたします

 

GenomeScaleModel Analyzers

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-MA BK  GSModel Analyzer Base Kit 1週間  見積いたします
 MLC-MA EX  GSModel Analyzer Extention 1週間  見積いたします

 

GenomeScaleModel Creator / Generator

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-MC BS  GSModel Creator  BS 1週間  見積いたします
 MLC-MG RM  GSModelGeneratorRM 1週間  見積いたします
 MLC-MG UM  GSModelGeneratorUM 1週間  見積いたします

 

MetaModeller & MetaModelComparator

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-MM AN  MetaModeller Analysis Kit 1週間  見積いたします
 MLC-MM CR  MetaModeller Creation Kit 1週間  見積いたします
 MLC-MM CP  MetaModelComparator 1週間  見積いたします

 

 FBA Executers

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-FB EC  FBA Executer EC 1週間  見積いたします
 MLC-FB CG  FBA Executer CG 1週間  見積いたします
 MLC-FB AF  FBA Executer AF 1週間  見積いたします

 

KnockOut Executers

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MLC-OK EC  KnockOut Executer EC 1週間  見積いたします
 MLC-OK PP  KnockOut Executer PP 1週間  見積いたします
 MLC-OK AF  KnockOut Executer YL 1週間  見積いたします
 MLC-OK SS  KnockOut Executer SS 1週間  見積いたします
 MLC-OK ME  KnockOut Executer ME 1週間  見積いたします
 MLC-OK AF  KnockOut Executer AF 1週間  見積いたします

代謝モデル関連製品

代謝モデル用辞書

代謝モデル解析に使える辞書類です。代謝モデル解析用にチューニングされています。

Metabolite Dictionary

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MDC-ME TE  Metabolite Dictionary Tuning Edition 2営業日  見積いたします

 

Reaction Dictionary

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MDC-RX TE  Reaction Dictionary Tuning Edition 2営業日  見積いたします

 

 生物種別 ゲノムスケールモデル構築・解析用データ

GSM Data Sets for Species

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MDC-GS EC  GSM DataSet for Escherichia coli  5営業日  見積いたします
 MDC-GS SC  GSM DataSet for Saccharomyces cerevisiae  7営業日  見積いたします
 MDC-GS AO  GSM DataSet for Aspergillus oryaze 10営業日  見積いたします

 

代謝反応自動分類ソフトウェア

ReactionClassifier

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MDC-RX CL  ReactionClassifier  5営業日  見積いたします

 

 

酵素関連データベース

酵素の反応物・生成物に関するデータベース製品

EnzymeReactantProductDB

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 DBEZ REPR  EnzymeReactantProductDB 3営業日  見積いたします

 

 

ゲノムスケール代謝モデル製品

ゲノムスケールモデル製品

オリジナルMET ID, REACTION ID を任意のIDに変換した製品です。

Bacteria

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MGS-BC EC  Escherichia sp. 3営業日  見積いたします
 MGS-BC CB  Corynebacterium sp. 3営業日  見積いたします

 

Fungi 

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MGS-FG SC  Saccharomyces sp.  5営業日  見積いたします
 MGS-FG AO  Aspergillus oryzae 5営業日  見積いたします
 MGS-FG TD  Trichoderma sp. 5営業日  見積いたします

 

 

代謝ストリームワークベンチ特注製品

代謝ストリームワークベンチ関連製品

代謝ストリームワークベンチ上で動作する個別特注製品です。

 

生物種別代謝ストリームビューア

MetabolicStreamViewer

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MSW-SV EC  MetabolicStreamViewer for Escherichia coli 3営業日  見積いたします
 MSW-SV CG  MetabolicStreamViewer for Corynebacterium glutamicum 3営業日  見積いたします
 MSW-SV SC  MetabolicStreamViewer for Saccharomyces cerevisiae 近日リリース予定  

 

代謝ストリームファインダー

MetabolicStreamFinder

 製品番号 枝番 製品名称  納期  価格
 MSW-SF BE  MetabolicStreamFinder Basic Edition 10営業日  見積いたします

 

 

SureServer for SAKURA(EV)

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