eShop in silico

生物種別の任意の代謝パスウェイを生成し、可視化するソフトウェアです。

機能概要

• ゲノムスケールモデルのロード機能
• 注釈付きゲノム配列データのロード機能
• 代謝パスウェイ描画機能
  • サブシステム別ローカルパスウェイ描画機能
  • 指定した化合物からのパスウェイ伸長
  • 複数のローカルパスウェイを1個のパスウェイに合成する機能
  • 指定した２つの化合物閑の最短パスウェイを検索し、パスウェイ上にルート表示する機能
• 代謝パスウェイ印刷機能（描画したパスウェイをpng形式で画像出力します）

使用データ形式

• ゲノムスケールモデルデータ形式：　XML, Matlab, CSV
• 注釈付きゲノム情報ファイル形式：　GenBank

ソフトウェアの動作環境

• 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

納品形式

• データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

ゲノムスケールモデルと注釈付きゲノム配列データから、GPR:GeneProductRelationを自動あるいは手動で注釈付けするソフトウェアです。

機能概要

• ゲノムスケールモデルのロード機能
• 注釈付きゲノム配列データのロード機能
• ゲノムスケールモデルのReaction情報に対するのGeneProductAssociation関連注釈の解析機能
• 対応する生物種のゲノム情報におけるgene注釈との自動リンク機能
• 複雑なGeneProductAssociationルールを可視化した論理図に変換する機能
• ゲノムスケールモデルに注釈されたgene情報のIDと対応するゲノム背哲情報が対応しない場合に、相同性検索によりIDを対応化する機能

使用データ形式

• ゲノムスケールモデルデータ形式：　XML, Matlab, CSV
• 注釈付きゲノム情報データ形式：　GenBank

ソフトウェアの動作環境

• 動作OS: MacOS 11, 12, 13 および Windows 11
• 動作Platform： MATLAB (2022b 以降）

納品形式

• データファイルはUSBメモリーに格納され、納品されます。また、データが更新された場合はダウンロードサービスがあります。

代謝反応連鎖トレースツールです。

目的化合物までの生体内反応連鎖をトレースします。

反応連鎖データベースを独自生成しているため、導入後すぐに使用できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2022a 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• 必要データ自動インストール機能
• 反応連鎖データベース生成機能
• 反応連鎖データインポート機能
• 加脱分子による反応連鎖トレース機能

付属データ

• 反応連鎖データベース
• 生体内代謝物データ
• 生体反応データ
• 加脱分子データ

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。ダウンロードも可能です。

Corynebacterium用の代謝ストリームビューアです。

サブシステム別に代謝ストリームを表示編集できます。

代謝物座標データが付属しているため、使用開始時点でも見やすい代謝ストリームを表示できます。

動作環境

• 動作OS: MacOSX.15以降 および Windows 10以降
• 動作Platform： MATLAB (2021b 以降） (MATLAB は納品されません。別途入手いただきます）

機能概要

• ゲノムスケールモデル入力機能
• 代謝ストリームの表示および編集機能
• 代謝解析データ・代謝実験データのオーバーレイ表示機能
• サブシステム別代謝ストリームの比較機能

付属データ形式

• 代謝物座標データ（XLS形式）
• 他にMap形式の補助データがあります。

納品形式

• プログラム・スクリプトファイルはDVDに格納され、納品されます。

特注ソフトウェア製品

利用者のニーズに応じたカスタマイズ可能なソフトウェア製品です。

GenomeScaleModel Design Checker

GenomeScaleModel Handlers

GenomeScaleModel Analyzers

GenomeScaleModel Creator / Generator

MetaModeller & MetaModelComparator

 FBA Executers

KnockOut Executers

代謝モデル用辞書

代謝モデル解析に使える辞書類です。代謝モデル解析用にチューニングされています。

Metabolite Dictionary

Reaction Dictionary

 生物種別　ゲノムスケールモデル構築・解析用データ

GSM Data Sets for Species

代謝反応自動分類ソフトウェア

ReactionClassifier

酵素関連データベース

酵素の反応物・生成物に関するデータベース製品

EnzymeReactantProductDB

ゲノムスケールモデル製品

オリジナルMET ID, REACTION ID を任意のIDに変換した製品です。

Bacteria

Fungi 

代謝ストリームワークベンチ関連製品

代謝ストリームワークベンチ上で動作する個別特注製品です。

生物種別代謝ストリームビューア

MetabolicStreamViewer

代謝ストリームファインダー

MetabolicStreamFinder