検索
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- 配列パターン検索(核酸・アミノ酸)、遺伝子間領域探索
- キーワード検索
- フィーチャーキー検索
- 相同性検索
- すべてのフィーチャーの塩基配列・アミノ酸配列からデータベースへの検索
- 検索用データベースの簡単作成
- 複数ゲノム配列を同時に検索可能
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サブカテゴリ
- メインカレント配列に登録されているフィーチャーキー数をカウントしリストを表示します。
- 検索対象のフィーチャーを複数選択可能で、検索範囲を限定可能です。
- 検索結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされます。
- CDSではアミノ酸配列、+鎖ー鎖のみの選択、一括削除、コドン表、連番付加、FusionPCR、などの操作が可能です。
- 行をクリックすると、メインフィーチャーマップはそのフィーチャーの位置を表示します。
- CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力が可能です。
- キーワードを入力して注釈を検索する機能です。対象フィーチャーキーを複数選択可能です。
- キーワードは複数指定可能でキーワード間の論理演算はAND/OR/NOTの選択が可能です。
- 検索範囲をCDS領域、Inter Genic領域の別に限定可能です。検索結果画面ではフィーチャーキー別の個数・配列上の位置・塩基長・遺伝子名・塩基配列・デスクリプションへのボタン・アノテーションへのボタンがリストされます.
- CDSではアミノ酸配列の週出、+鎖ー鎖のみの表示選択、一括削除、コドン表の表示、検索されてフィーチャーへの連番付加、FusionPCR機能へのリスト転送、などの操作が可能です。
- 結果リストの行をクリックするとメインフィーチャーマップはそのフィーチャ―位置のマップを表示します。
- CSV/FastA/GenBankフォーマットでのファイル出力ができます。
- Qualifier一括削除も実装されています。
- 登録されている配列パターンを複数選択して、カレント配列中に存在するパターンを検出します。
- 検索時にパターンを新規入力して検索することも可能です。検索範囲指定可能で、検索対象ストランド,も指定できます。
- 1~2文字のミスマッチ検出可能。CDS領域あるいは遺伝子間領域の探索領域も指定可能です。
- CDSの上流・下流指定領域のみの検索可能です。また、複数配列を検索対象として設定可能です。
検索結果画面では、パターン毎に検出個数、配列上の位置、上流下流の遺伝子を表示可能です。
- また、結果を新規フィーチャーとして自動登録が可能です。
- CSV/FastA形式で結果をファイル出力が可能です。
- 検索結果リストの行をクリックすると、メインフィーチャーマップはそのパターンの位置がマップの中央となるように移動し、配列レーン上の該当するパターン配列がハイライトされます。
- 遺伝子機能コード(コードは任意ですがCOG分類が一般的です)を複数選択して、それらの機能を持つCDSフィーチャーを検索します。
- 検索範囲指定可能で、複数配列を検索対象にできます。
- 検索結果画面からはそれぞれの機能分類毎のCDS数、配列上の位置、ストランド、COGの説明、locus_tag、上流下流の遺伝子、CDSの塩基配列、デスクリプションウィンドウおよびアノテーションウィンドウへのリンクが表示されます。
- アミノ酸配列を別途出力可能です。
- ヒットCDSの一括削除、Fusion PCR, コドン使用頻度表表示が可能です。
- 結果リストの行をクリックするとメインフィーチャーマップはその位置を表示します。
- CSV/FastA/GenBank形式でのリスト出力も可能です。
- 検索されたフィーチャ―だけをカレントマップ上に表示するオプションもあります。
参照ゲノムマップにゲノム塩基配列をロードするだけでBlast検索用データベースが自動的に作成され、そのデータベースに対する相同性(Blast)検索を簡単に実行できます。
相同性検索にはクエリー配列と配列データベースおよび検索プログラムの指定が必要です。
検索を実行するには以下の方法があります。
- クエリー配列を直接入力する
- クエリー配列をペーストする
- ファイルとして保存されているクエリー配列ファイルを参照する
- メインフィーチャーレーン上の1つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
- 参照フィーチャーマップ上の1つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
- メインフィーチャーレーンの選択領域(マウスドラッグで選択できます)にあるすべてのフィーチャーの配列をクエリー配列(複数クエリー)とする:GE以上に実装
検索用のデータベースには以下があります。
- カレント参照フィーチャーマップにロードされているゲノム塩基配列(CDS上のアミノ酸配列を含む)
- 登録されているゲノム塩基データベースあるいはアミノ酸配列データベース
- インターネット経由でNCBIの塩基配列データベースあるいはアミノ酸配列データベース
検索プログラムは以下から選択できます。
- BlastN
- BlastP
- BlastX
- tBlastN
- tBlastX
指定されたゲノム領域に存在するフィーチャー全部をクエリー配列として一括大量にホモロジー検索を行います。