参照ゲノムマップにゲノム塩基配列をロードするだけでBlast検索用データベースが自動的に作成され、そのデータベースに対する相同性(Blast)検索を簡単に実行できます。
相同性検索にはクエリー配列と配列データベースおよび検索プログラムの指定が必要です。
検索を実行するには以下の方法があります。
- クエリー配列を直接入力する
- クエリー配列をペーストする
- ファイルとして保存されているクエリー配列ファイルを参照する
- メインフィーチャーレーン上の1つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
- 参照フィーチャーマップ上の1つのフィーチャーを右クリックして、そのフィーチャ―の配列をクエリー配列とする
- メインフィーチャーレーンの選択領域(マウスドラッグで選択できます)にあるすべてのフィーチャーの配列をクエリー配列(複数クエリー)とする:GE以上に実装
検索用のデータベースには以下があります。
- カレント参照フィーチャーマップにロードされているゲノム塩基配列(CDS上のアミノ酸配列を含む)
- 登録されているゲノム塩基データベースあるいはアミノ酸配列データベース
- インターネット経由でNCBIの塩基配列データベースあるいはアミノ酸配列データベース
検索プログラムは以下から選択できます。
- BlastN
- BlastP
- BlastX
- tBlastN
- tBlastX