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IMC S01 ロードされているゲノム配列を逆相補鎖側から閲覧する

IMCでは、ゲノム配列ファイル を メインフィーチャーマップ にロードすると通常はそのファイルに記述されている塩基配列を 順ストランド として表示します。

注釈 が記述されている場合は、各注釈の位置も 順ストランド 上の塩基配列位置となります。

IMCでは、Reverse Comlement という機能があり、この機能を実行すると、現在ロードされているゲノム配列の 相補鎖 の5’側から順ストランドに変更し、表示することができます。

このとき、注釈の位置もすべて元の順ストランドから現在の順ストランド(元の 逆相補鎖)上の位置に変更します。

Reverse Complement 操作をもう一度実行すると、元に戻ります。

逆相補鎖 表示になった段階で、カレントゲノム配列 を保存すると、保存される塩基配列は、元のゲノム配列ファイルの逆相補鎖の5’側から書き換えられます。

注釈もすべて、位置を書き換えて保存されます。

操作方法

ゲノム塩基配列を メインフィーチャーマップ にロードします。

ここでは、サンプルデータのBsub_50kb.gbkを使用します。

ロードされたゲノム配列の フィーチャーマップ が メインフィーチャーマップ の フィーチャーレーン 上に表示されます。

メニューから Genome Design -> Reverse Complement をクリックします。

あるいは、ツールボックスのReverse Complement ボタンをクリックします。

フィーチャーマップ の 順鎖 と 逆相補鎖 が交代し、すべてのフィーチャーも元の 逆相補鎖 上の位置を順鎖上の位置として、表示が移動、反転します。

ツールボックスのReverse Complement ボタンの色も変わり、現在 逆相補鎖 側が表示されていることを示します。

フィーチャーの位置や方向は内部的に変更されていますが、元の配列ファイルは置き換えられていません。

ここで一つのフィーチャーをクリックしてから、GenBank/EMBL Viewer をクリックしてそのフィーチャーの記述を閲覧すると、その位置はまだ元の位置を示してます。

一方、このフィーチャーの上で、右クリックしメニューから Description Window を選択して、Description Window を起動すると、このフィーチャーの位置は逆相補の位置に変更されています。

これは、GenBank/EMBL Viewer の情報は、ファイルの内容を示しているのに対し、Description Window の情報は、メモリー上の内容を示しているためのです。

この状態で、配列ファイルを上書き保存すると、GenBank/EMBL Viewerの内容も書き換えられます。

ツールボックス の反転表示になっている Reverse Complement ボタンをクリックします。

メインフィーチャーマップ は、元の ストランド が表示されます。

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