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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
ライセンスは自動継続されません。期限満了時に、継続・更新ライセンス製品からご注文いただきます。

IMC W713 Genome Analysis タブペインの説明

Genome Analysis タブペインでは、ORF候補 の塩基長段階の設定、ドットプロット の最大表示ドット数、遺伝子マッピング(mRNA配列やアミノ酸配列マッピング)の際にイントロンとして認識する最大塩基長、アミノ酸翻訳 の際に使用する 遺伝暗号表 の設定、原核生物 か 真核生物 かの指定、が可能です。

ORF Extraction Setting セクション:

ORF候補 はその塩基長が長いものが真の遺伝子である確率が高い。このため、IMCではORFの塩基長段階を3つに分け、それぞれ切り分けてアノテーションを行えるようにしています。この段階の閾値は利用者が設定できます。

Long ORF >= テキストフィールド:このテキストフィールドには、ORF_Long として同定される ORF候補 フィーチャー の最小塩基長を指定します。

Middle ORF >= テキストフィールド:このテキストフィールドには、ORF_Middle として同定されるORF候補フィーチャーの最小塩基長を指定します。

Short ORF >= テキストフィールド:このテキストフィールドには、ORF_Short として同定されるORF候補フィーチャーの最小塩基長を指定します。

Transl_table プルダウンメニュー:アミノ酸翻訳 に使用する 遺伝暗号表 を選択します。

DotPlot セクション:

Maximum Numberof Dots on the Plot テキストフィールド:正の整数を入力します。ドットプロット 上に打つドットの最大値を指定します。最大値を超えるドット数がある場合でも、超えた分のドットは打たれません。なお、この設定は ドットプロット描画ダイアログにおいても変更できます。

Mapping セクション:

mRNA、cDNA、アミノ酸配列 をマッピングする場合に、その配列が イントロン で分断される場合に、イントロン とみなす最大塩基長を指定します。

Maximum Length of Intron テキストフィールド:正の整数を入力します。イントロンの長さがこの指定を超える場合は、マッピング されません。

Translation セクション:

Transl_table プルダウンメニュー: アミノ酸翻訳 に使用する 遺伝暗号表 を プルダウンメニュー から選択します。

Type Prokaryote Eukaryote トグルラジオボタン:原核生物 か 真核生物 かどちらをオンにします。これにより アミノ酸翻訳 処理方法を変えます。

Feature Setting 共通操作ボタンについてはこちらをご覧ください。

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