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eShop in silico 初期購入ライセンス製品(新規のお客様向け)

初めてIMCライセンスを購入される方向けの製品です
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IMC B2DA31 フィーチャーレーン上の選択領域のCDSをクエリーとしてBlast検索する

メインフィーチャーマップフィーチャーレーン の選択領域に含まれる CDS フィーチャーを クエリー配列 として、Blast を使用した ホモロジー検索 を実行します。

ホモロジー検索結果は各フィーチャーの Qualifier に記録されます。

これらのQualifierを使用して、フィーチャー の形状、カラー、ラベル などをそれらに従って表示することができます。

操作

 

  1. コーディング領域 が同定されており、CDSフィーチャーとして登録されているゲノム配列を カレントフィーチャーマップ にロードします。
  2. カレント参照ディレクトリ には、サンプルデータ として E_coli.gbk と S_typhimurium.gbk をロードしておきます。
  3. マウスをドラッグして、Blast検索 を実行する領域を選択します。
  4. 選択領域 上でマウス右クリックします。
  5. メニューが表示されます。
  6. 「Homology Search by Selected Feature」をクリックします。
  7. Batch Homology Setting」ダイアログが表示されます。
  8. カレントレファレンスディレクトリ にロードされているゲノム配列の塩基配列とアミノ酸配列が Blast検索用データベース として選択できるようになっています。
  9. この他にも 検索用データベース を作成し、ここにリストアップすることができます。(こちら)
  10. ここでは、例として、E_coli.gbkの AA-REF とS_typhimurium.gbkのAA-REFをチェックし、検索用データベースとします。
  11. 「Run」をクリックします。
  12. 「Start Homology Search?」実行確認ダイアログ が表示されます。
  13. 「Show Parameter…」をクリックします。
  14. 実行確認ダイアログが拡大し表示され、Blast検索実行パラメータ が表示されます。
  15. 「Result Setting 欄の「Maximum Number of Hits」入力フィールドに 最大ヒット数 を正の整数で直接入力します。
  16. これは、クエリー 毎にいくつの検索結果を保存するかを指定します。
  17. 入力した数値以上のヒットは保存されませんが、ヒット数が少ない場合などは、この数値をより少ないヒットが保存されます。
  18. ここでは、これを5に設定します。
  19. 「はい(Y)」をクリックします。
  20. Blast検索の実行が開始されます。
  21. 実行中は、進捗メッセージ が表示されます。
  22. 検索が終了すると、検索結果ダイアログ が表示されます。
  23. このダイアログから 手動アノテーション を実行できます(説明はこちら)。
  24. Auto Copy]が設定されている場合は、トップヒット のQualifierの指定されたものが自動的に クエリーCDS に登録されます。
  25. 「Auto Copy」の説明はこちらです。
  26. 検索結果ダイアログからは手動アノテーションできます。手動アノテーションはこちら。
  27. 自動転記 された結果を閲覧します。
  28. Toolbox からラベルボタンをオンにします。CDSフィーチャーの上にラベルが表示されます。
  29. 下の場合は、gene がラベルとされています。
  30. ラベルボタン をオフにします。
  31. CDSフィーチャーの上のラベルが消えます。
  32. ラベルボタンをオフにしてもラベルが消えない場合は、そのラベルが「Permanent Label」となっているためです。
  33. これを解除するには、「Feature Setting」ダイアログの「Feature Mapタブペイン からその設定を変更する必要があります。
  34. Toolboxから「EC」ボタンをクリックします。
  35. EC番号 を転記されたCDSは EC番号 に割り当てられたカラーで表示されます。
  36. このカラー設定は、「EC_number」タブペインで変更できます。
  37. ToolBoxから「BL」ボタンをクリックします。
  38. ヒットしたCDSフィーチャーは Blastスコアカラー で表示されます。
  39. このカラーの設定は、「Blast Color」タブペインで変更できます。
  40. Blastスコアカラーは ヒット領域 別で表示されますが、アミノ酸残基 単位、あるいは 塩基単位 でのカラー表示も可能です。
  41. このカラー設定は、「Blast Color」タブペインで変更できます。

  42. ラベルとして使用するQualifierを変更する場合は「Feature Map」から変更します。
  43. 「gene」から「product」に変更します。
  44. ラベルとして、CDSフィーチャーのQualifier「product」が使用されています。

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