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IMC O04: ベン図(Venn Diagram)を描く

ベン図Venn Diagram)とは?

ベン図(Venn Diagram)は集合論で使用される図で、3個の集合(4集合以上の場合も描画可能ですが、図が複雑になります。IMCでは3集合以下のみ描画します)間の要素の数の分布を示したものです。それぞれの集合に属する要素を円内に示し、それらが重なり会う部分を 共通要素 として示します。生物学への応用として 近縁種ゲノム 間の相同遺伝子 の数を図示すことに使用されます。 

搭載ソフトウェア

  • IMC GE and AE
  • GT

機能

すでに遺伝子が同定された3株の 近縁種ゲノム塩基配列 についてそれらの GenBank形式ファイル を使い、それぞれのゲノム上に存在するすべての遺伝子の間に 共通遺伝子 か否かを判定し、3ゲノム間あるいは2ゲノム間の ベン図(Venn Diagram)を描画します。

  • 共通遺伝子の判定には、NCBI Blast による アミノ酸配列性検索 を使用します。
  • 判定基準は、Blast 結果の Percent Identity と Overlap Length を使用します。
  • Percent Identity と Overlap Length が指定値以上の組をそれぞれが共通と定義します。

Venn Diagramをカラーグラフィック描画します。

  • 各数値をクリックするとその遺伝子リストを表示します。
  • 描画色を変更することが可能です。
  • 印刷が可能です。

共通遺伝子等のリストを表示、ファイル出力します。

  • 3種に共通な遺伝子数とそのリスト
  • 3種のうち、いずれかの2種に共通な遺伝子数とそのリスト
  • そのゲノムのみに存在し、他の2種ゲノムに共通な遺伝子が存在しない遺伝子の数とそのリスト
  • 各リストは CSV ファイルとして出力できます。

共通遺伝子あるいはユニーク遺伝子に関して、遺伝子フィーチャーアラインメントします。

  • リスト上の各 共通遺伝子 あるいは ユニーク遺伝子 をクリックすることにより、MGV参照ゲノムマップ)上の各ゲノムをその遺伝子位置で 遺伝子フィーチャーアラインメント します。

制限事項

  • Venn Diagram 機能は、IMC GE/AEに実装されています。IMCSE には実装されていません。
  • Venn Diagram の描画対象ゲノムはすべて MGV 上にロードしておく必要があります。

結果表示ダイアログ画面および項目説明

  • 結果表示ダイアログ画面説明
  • 共通・ユニーク遺伝子リスト表示説明

アルゴリズム

  • 比較するゲノム上に同定された CDS のアミノ酸配列を NCBI Blast の 相動性検索 を利用して比較します。
  • 2ゲノムの比較の場合は、一方のゲノム上の1つのCDSが他のゲノムの全CDSに対して アミノ酸配列相動性検索 を行い、さらにその トップヒット CDSが元のゲノムの クエリーCDS と一致する場合に、共通遺伝子 であると定義します。
  • ただし、指定条件(Percent Identity と Overlap Length )が判定基準値以下である場合には、棄却されます。

 

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