インシリコバイオロジー株式会社

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Glossary

A.A.

Amino Acidsの略

A.A. Mapping (ISB用語)

アミノ酸配列を参照ゲノム塩基配列上に相同性を利用してマッピングする機能。マッピング結果はChartViewerで閲覧できる。

A.A. Profile (ISB用語)

蛋白質のアミノ酸の性質を連続的な棒グラフで示したもの。

ABI

Applied Biosystems, Inc.の略。DNAシーケンサーなどの製造を行う企業。

ABI Alignment (ISB用語)

=波形アラインメント。ABI Mappingよりゲノムに同一領域にマップされた複数のABIファイルから抽出された塩基配列をアラインメントし、その波形をも表示する機能をいう。ABIファイルがマップされたIMCのフィーチャーマップ上で、マウス右クリックすることにより、実行できる。

ABI Format

|ABI社のDNAシーケンサーから出力されるファイル形式。波形を表示するために必要な情報が格納されている。SCF参照。IMCでは、このファイルを直接読み込み、フィーチャーマップに表示でき、波形も表示できる。マッピングにフィーチャーとして登録し、そこから対応する波形(複数)をアラインメント表示できる。

ABI Mapping (ISB用語)

=Trace Mapping. 

IMCでは、ABI形式ファイルをゲノム塩基配列上にマッピングすることができる。

ACE

Phrapアセンブラーの出力ファイルフォーマット。GenomeTravelerで作成、およびインポートすることができる。

AFG

VelvetによるDeNovoアセンブル結果ファイル

Annotation

塩基配列やアミノ酸配列上のフィーチャーに注釈をつけることを示す。

Annotation Window (ISB用語)

IMCの操作用ウィンドウのひとつ。この画面から相同性検索結果などを参照し、アノテーション作業を行うことができる。

AntigenPredictor (ISB用語)

ISB社のバイオソフトウェア製品のひとつ。抗原決定基を予測する。

Assembler

アセンブル用ソフトウェア。MGG自体にはアセンブル機能はなく、別のソフトウェアとしてのアセンブラーを起動することができる。現在、MGGで登録、起動可能なアセンブラとしては、in silico AssemblerおよびPhrapがある。

AUGUSTUS

 

Auto Annotation

自動アノテーション機能。IMCGE以上に実装されている。

Auto Copy (ISB用語)

IMCにおいて、ホモロジー検索の結果ヒットしたSubjectから必要な注釈を自動的に転記する機能。自動的にコピーするQualifierを指定できる。

BAM

SAMToolの出力フォーマット。BAMはバイナリ形式。

Batch

まとめて実行すること。

Batch Homology Search (ISB用語)

多数のフィーチャーをクエリーとして、まとめて相同性検索を実行する機能を示す。

Batch Primer Design (ISB用語)

多数の領域をそれぞれ増幅するためのPrimer Setを一括して設計すること。

BED

フィーチャーファイル形式のひとつ。UCSC Genome Browserで使用されている。

Blast

NCBIで開発された高速ホモロジー検索用アルゴリズム

Blast DB

BLASTを実行するために、必要なデータベース。FormatDBというコマンドを用いて、生成することができる。IMCでは、内部的にこれを生成するので、ユーザーはFormatDBのことを知らなくともデータベースを作成することができる。

Blast Result Mapping

Blast 検索結果をゲノム地図上にマッピングするIMCの機能。スコアやアラインメント、注釈などをマッピングできる。

Blat

UCSCで開発されたBLASTに類似したホモロジー検索ソフトウェア。NCBI BLASTより高速である。

Blunting

平滑化。酵素により、DNAの突出末端を平滑末端にする。IMCでは、この反応を実装している。

cDNA Mapping (ISB用語)

=EST Mapping。

IMCのマッピング機能の1種。EST Mappingに名称変更。

CDS

(=CoDing Sequence)。アミノ酸コーディングシーケンスを示す。

Chain Flexibility

アミノ酸鎖柔軟性判定アルゴリズム。IMCには、プロファイル解析の1手法として実装している。

ChartViewer (ISB用語)

インシリコバイオロジー社で開発した、多重トレース波形表示ソフトウェア。トレース波形ビューア。IMCおよびMGGで使用される特殊ビューア。シーケンサートレース波形の多重アラインメントを表示、操作することができる。

Chou-Fasman

アミノ酸二次構造予測アルゴリズムの1つ。IMCでは、このプロファイルを描画できる。

Circular Genome Map (ISB用語)

環状ゲノムマップ。IMCAEとIMCGEにて描画できる。

Classification Search (ISB用語)
ClustalW

マルチプルアラインメント用ソフトウェア。

Codon

コドン。アミノ酸1つを翻訳するために必要な3文字の核酸をいう。

Codon Usage

= Codon Frequency.

コドン使用頻度

COG

原核生物用Orthologデータベース。遺伝子の機能分類に使用される。

Content Map (ISB用語)

組成情報を表示するためのマップ。GC含量、GC Skewなどがある。

Contig

2つ以上のフラグメント同士が共通の塩基配列を持つ場合、これらが由来するゲノムの領域が同一であると仮定することにより、1つの結合された配列(コンセンサス配列)をつくることができる。この集合をContigという。1つのフラグメントのみから構成される集合を含めてContigという場合もある。

CSFastA

ABI SOLiDのカラースペースデータフォーマット

CSV Format File

Excelなどで読み込むことができるテキスト形式フォーマット。IMCやMGGでも、広く採用している。

Current Sequence (ISB用語)

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列

Current Sequence Folder (ISB用語)

= Current Folder.

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。

DAM/DCM

(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)

メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。

Description Window (ISB用語)

IMCにおけるフィーチャーへの注釈を記述するためのウィンドウ

Disagreement List

不一致部位検出リスト

DotPlot

ドットプロット。2種のDNA間の相同領域を二次元グラフ上に、ドットを用いて網羅的に表示する機能。IMCAEとIMCGEに実装されている

Edit DNA Pool (ISB用語)

(= Old Name:編集DNAプール (= 反応チューブに変更))|
~反応チューブ(旧名:編集プール)には一度に複数のDNA塩基配列データを読み込めます。一度に読み込めるファイル数に制限はありませんが、メモリー容量による限界があります。
読み込み可能なDNA塩基配列データは配列コードのみで書かれたテキスト形式のファイル、FastA形式のファイル、そしてGenBank、EMBL形式のファイルです。
GenBank、EMBL形式のファイルの場合には、そのLOCUS行がチェックされ、CIRCLUARすなわち環状のDNAであれば、環状のアイコンで表示され、以外であれば線状のアイコンで表示されます。それぞれ、DNA塩基配列ファイル名称および塩基配列長が表示されます。そこにマウスを持っていくと、バルーン表示で、そのDNAファイルのSOURCE/ORGANISMに記述された内容が表示されます。
最後に読み込んだDNAファイルがアクティブとなり、塩基配列表示領域および編集DNAフィーチャーマップ表示領域にその内容が表示されます。

EMBL Format

EMBLフォーマットはヨーロッパを中心として利用されている同じくテキスト形式の注釈付塩基配列およびアミノ酸配列データ形式を示します。Genbankフォーマットとは若干異なりますが、内容はほぼ同一です。IMCではEMBLフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

EMF

Extended Meta Format。画像フォーマットのひとつ。IMCで採用している。マイクロソフトのPower Pointなどで、編集できる。

EST Mapping

IMCの配列マッピング機能の一つ。多数のEST配列をエクソン、イントロンを判別してジョイン形式のフィーチャーとして、参照ゲノム塩基配列上にマッピングする。

Expand (ISB用語)

GenBank/EMBLマルチプルフォーマットのファイルをよみ、それぞれの配列エントリーのOrganismによって、学名による系統樹構造を作成し、それぞれ当てはまる個々の配列をシングルフォーマットに変換し、格納することを言う。IMCのExpandボタンで実行できる。

FastA Format

注釈なしの核酸やアミノ酸配列に一行のヘッダー情報がついた形式のファイルです。ホモロジー検索のデータベースを生成する場合によく利用されます。IMCではFastAフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んで表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

FastQ
Feature

生物学的特徴・性質を表現するために定義された具体的存在をいう。

Feature Key

生物学的特徴・性質を表現するために定義された一般概念をいう。

Feature Map (=ISB用語)

IMCにて、生体高分子(DNAやアミノ酸)への注釈をFeature Keyという概念を用いて、図示し地図のように表示する機能。

Feature, Completely Deleted

IMCのフィーチャーマップ上から完全に削除されたフィーチャーを示す。完全削除後は回復できない(ファイルを保存する以前であれば、ファイル保存をキャンセルすることで回復可能な場合がある)。

Feature, Inherit

変更されたゲノム塩基配列上のフィーチャーを継承することをいう。

Feature, Temporary Deleted

IMCのフィーチャーマップ上で一時的に削除されているフィーチャを言う。回復可能。グレーで描画されている。

Fickett, James

DNA塩基配列からコーディング領域らしさを予測するアルゴリズムであるTestCodeを発表した。

Fragment

DNAの断片を言う。あるいはNGS用語で、Paired-Endではないシングルフラグメントのショートリードを言う。

GC Content

GC含量のこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GC Skew

GCスキューのこと。IMCのFeature Map上および環状ゲノムマップ上に描画することができる。

GE

 (= Gel Electrophoresis (= ゲル電気泳動))

GE in silico

コンピュータ内で仮想的に行うゲル電気泳動実験。IMCで実行できる。

GenBank

NCBIで運営されている配列データベース。各投稿者からのエントリー配列をそのまま掲載している。RefSeqは、NCBIで独自に注釈をつけたもの。

GenBank Format

Genbankフォーマットとは、注釈付の塩基配列データあるいはアミノ酸配列データのファイル形式を示します。米国NCBIで提供するテキスト形式のフォーマットです。このため、たいていのエディターソフトウェアでも内容を見ることが可能です。NCBIの塩基配列、アミノ酸配列データベースはもっとも大掛かりで、また頻繁に更新されています。このGenbankフォーマットのデータは様々なソフトウェアで読み込む、書き出すことができるので、研究者間のデータ交換にも最適です。IMCではGenbankフォーマットの塩基配列データを標準でサポートしており、読み込んでフィーチャーマップを表示したり、書き出し保存したりすることが可能です。

GenBank Format File

GenBankデータベースを構成するレコードエントリーの書式

GeneScan

遺伝子予測ソフトウェア。その出力ファイルをIMCで読み込み、フィーチャーとして登録できる。

GFF

General Feature Formatの略。IMCでフィーチャーインポートし、新規フィーチャーとして登録可能。

GFF

SOLiDのマッピング結果出力フォーマット。IMCおよびMGG、GenomeTravelerで読込可能。

GPFF

GenPeptFormatFile。IMCでは、相同性検索用データベース生成の入力ファイルとして使用することができる。

GT

GenomeTraveler

GT: GenomeTraveler

インシリコバイオロジー社が開発した次世代シーケンサー用ソフトウェアの名称

GTF

フィーチャー記述ファイル形式のひとつ。

IMC

in silico MolecularCloning

LGRM

Local Genome Rearrangement Map

TaxiSpider

インシリコバイオロジー社のソフトウェア製品の1つ。生物系統樹から目的の塩基配列およびアミノ酸配列を探索し、NCBIよりその配列をダウンロードすることができる。さらにそこから、IMCを起動することが可能。

さ:参照ゲノムマップ

アノテーションなどのために、参照するゲノム配列を線状に配置したゲノム地図。