Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

in silico Protocol: PC010


フィーチャーマップ上でのプライマー設計


フィーチャーマップの任意の領域をマウスでドラッグして設定した領域を増幅するプライマーセットを設計します。


以下のインシリコ実験には、IMCを使用


試薬・装置


1.全ゲノム断片塩基配列ファイル(*、**):例(Bsub_50kbL.gbk)

2.実行ソフトウェア:IMCSE/GE/AE

*DNA塩基配列は、Genbank、EMBLなどのサイトからダウンロード可能です。

**例はインストール時のサンプルに含まれています。isb/imc/samples

 


方法


1.塩基配列ファイル読み込みボタンをクリックし、ファイル選択ダイアログから微生物全ゲノムDNA塩基配列(Bsub_50kbL.gbk)をIMCに読み込みます。

2.IMCメイン画面左側の反応チューブに円形あるいは線形のDNAアイコンが表示されます。

3.縮尺が適当でない場合は、ズームボタンとスクロールボタンで調整します。

4.フィーチャーマップ上に表示されている1つのCDSフィーチャーを含む領域を増幅することにします。

5.任意に選んだフィーチャーの左側あるいは右側からマウスをドラッグします。

6.ドラッグするにつれて、ドラッグ領域が赤くカラー表示されます。その領域の塩基位置が刻々と変化しますので、それを確認しながら適当なところでドラッグを終了します。

7.そこで今度は、マウスで右クリックします。すると、ポップアップメニューが表示されますので、その中の「PCR Primer Design」を選びます。

8.すると以下のようなプライマーデザイン用パラメータ設定ダイアログが表示されます。通常は何も変更しないで、下部のSetボタンをクリックします

9.するとプライマー設計処理が、スタートします。プライマーセットが1組以上設計できると、以下のようなプライマーセットリストが表示されます。都合のよいプライマーが発見できない場合は、右のように プライマーが見つからないとのメッセージが表示されます。

10.リストは予め設定したパラメータ間の優先順位に従い、上位から並んでいます。通常は最上位のセットを選択します。任意のセット(行)をクリックすると、その増幅範囲が青く表示されます。

11.プライマーセットとして登録する場合は、そのセットの行にチェックをつけ、Save as a Primerボタンをクリックします。すると、そのプライマーセット(複数指定可能)がプライマーとして登録されます。

12.直ちに、PCRを実行してしまうことも可能です。その場合には、Amplifyボタンをクリックします。 すると、確認メッセージの後、PCRが実行され、PCR産物のリストが表示されます。

13.リストにチェックをつけて、LOADボタンをクリックすると確認メッセージの後に、反応TUBEにPCR産物がLOADされます。 14.反応チューブのPCR産物のアイコンをクリックすると下に示すように、そのフィーチャーマップを表示することができます。