Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

in silico Protocol: PC016


制限酵素消化断片のゲル電気泳動


ゲノム塩基配列を制限酵素で消化した断片をゲル電気泳動します。


以下のインシリコ実験には、IMCを使用


インシリコ試薬・装置


1.環状ゲノム塩基配列ファイル(*、**):例(Bsub_50kb.gbk)

2.直鎖状ゲノム塩基配列ファイル(*、**):例(Bsub_50kbL.gbk)

3.実行ソフトウェア:IMCSE/GE/AE

*DNA塩基配列は、Genbank、EMBLなどのサイトからダウンロード可能です。

**例はインストール時のサンプルに含まれています。isb/imc/samples


インシリコ実験方法


1.塩基配列ファイル読み込みボタンをクリックし、ファイル選択ダイアログから環状ゲノムDNA塩基配列(Bsub_50kb.gbk)をIMCに読み込みます。また、直鎖化されたゲノム塩基配列(Bsub_50kbL.gbk)を読み込みます。

2.IMCメイン画面左側の反応チューブに2個の線形と環状DNAアイコンが表示されます

3.まず、直鎖状のゲノム塩基配列の制限酵素による消化断片化を行います。

4.直鎖状のゲノム塩基配列(Bsub_50kbL.gbk)をクリックします。すろと、そのフィーチャーマップが表示されます。

5.制限酵素ボタンをクリックします。

6.表示された制限酵素リスト画面から、BamHIとAvrIIの2つの制限酵素にチェックします。

7.Show Recognition Siteボタンをクリックします。

8.2つの制限酵素が認識部位の数のリストダイアログが表示されます。さらに、それぞれの制限酵素をチェックすると、それぞれあるいは両方の制限酵素認識部位の全リストが右側に表示されます。

9.全制限部位にチェックし、Gel Electrophoresisボタンをクリックします。すると、左のようなゲル電気泳動の図が表示されます。

10.次に今度は、環状のDNAを制限酵素で消化断片化行います。

11.手順を省略し、結果のみ表示します。環状DNAのために、バンドが1本少なくなっています。