Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

in silico Protocol: PC018


Blunting: DNA断片末端の平滑化


DNA断片の突出末端を平滑化します。


以下のインシリコ実験には、IMCを使用


試薬・装置


1.制限酵素消化済みDNA塩基配列ファイル(*) :例 (Bsub_50kb_AatII_1.gbk)

2.制限酵素消化済みDNA塩基配列ファイル(*) :例 (Bsub_50kb_AatII_2.gbk)

2.制限酵素消化済みDNA塩基配列ファイル(*) :例 (Bsub_50kb_BamHI_1.gbk)

4.制限酵素消化済みDNA塩基配列ファイル(*) :例 (Bsub_50kb_BamHI_2.gbk)

3.T4 DNA Polymerase(**) :

4.Mung Bean Nuclease(**) :

5.IMC SE/GE/AE

*サンプルはインシリコバイオロジー社サイトからダウンロード可能です

**酵素はボタンメニューで選択します

***例はIMCのサンプルファイルに入っています

 


方法


1. 制限酵素で消化された末端をもつDNA塩基配列(Bsub_50kb_AatII_1.gbk)をIMCに読み込みます。別途、インシリコプロトコルNo.1「制限酵素によるDNAの消化切断」で生成された任意の断片を使用しても構いません。

2. 線カーソルをウィンドウの右端と左端に移動させ、末端の形状を確認します。緑色で表示されている塩基は実際には存在せず、シングルストランドとなっています。

3. Blunting ボタンをクリックします。すると酵素の名前がリストアップされていますので、ここでは「T4 DNA Polymerase」を選びます。

4. 実行確認メッセージが表示されます。「はい(Y)」をクリックします。

5. 再度、両端の状況をみてみます。すると、両側とも4塩基分が削れていることが判りませす。

6. 次に、別のサンプル(Bsub_50kb_BamHI_1.gbk)をIMCに読み込みます。

7. 同様に両末端の形状を表示します。今度はオーバーハングが逆であることがわかります。

8. やはり、Bluntingボタンをクリックして、T4 DNA Polymeraseを選びます。確認メッセージに「はい(Y)」と応えて、両端の形状を調べます。

9. 今度は、両端が削れずにダブルストランドとなっていることがわかります

10. 同様に、Mung Bean Nucleaseを使用してみましょう