Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

系統樹をたどって配列を見つける

国際データベースに登録されている塩基配列やアミノ酸配列の量は急激に増加しつつあります。これに伴い、NCBIなどの国際塩基配列データベースから配列データをダウンロードする方法が頻繁に変更され、日常的にアクセスしない利用者にとっては、常に戸惑うことの多い操作となっています。このような背景では、一定の方法で必ず目的の配列を発見し、ダウンロードできる機能が不可欠となります。


TaxiSpiderを使う


TaxiSpiderは、NCBIのTaxonomy情報をダウンロードし、それをローカル展開します。これにより生成された系統樹をルートから下っていくことにより、学名だけで必要な配列を発見し、NCBIに登録されている塩基配列やアミノ酸配列をダウンロードし、保存することにより、IMC:in silico Molecular CloningMGG: MetaGenomeGAMBLERなどで利用することができます。


NCBI Taxonomy Data