Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

in silico Protocol: PH004


アミノ酸配列の分子系統樹を描く


ClustalWによるアミノ酸配列のアラインメント結果を使って、分子系統樹を描きます


以下のインシリコ実験には、IMCを使用


試薬・装置


IMCを使用

 


方法


1.IMCを起動し、GenbankやEMBLなどの注釈つき、塩基配列ファイルを読み込みます。

2.アミノ酸配列をもつFeature(CDS, mRNA)の上で、マウスを右クリックします。

3.以下の3つのいずれかの場合に、Blastによるアミノ酸相同性検索を実行できます。 (1) インターネットに接続可能 (2) 参照ゲノムを読み込んである (3) アミノ酸データベース登録済み

4.ここでは参照ゲノムを読み込んであるケースで説明します。参照ゲノムが1つ以上読み込まれている場合は、Feature MapのCDS Featureの上で、マウス右クリックすると、表示されるプロダウンメニューに「Show Homology A.A.」というサブメニューが表示されます。これを選択し、クリックします。

5.すると、「Start Homology Search?」というメッセージが表示されるので、はい(Y)をクリックします。

6.次に、ホモロジー検索のパラメータ設定ダイアログが表示されます(オプションで表示しないように設定できます)。

7.検索実行中はProgress Messageが表示され、終了すると消えます。

8.ホモロジー検索結果リストが表示されます。例は、読みこれまれている参照ゲノム5種のそれぞれにおいて、トップヒットの1エントリーをリストしています。

9.アラインメント対象のアミノ酸エントリーにチェックをつけます。「Select All」ボタンをクリックすると、全部にチェックをつけることができます。

10.ClustalWが実行され、Multiple Alignment結果が表示されます。

11.この結果ウィンドウの下部にある、「PHylogenetic Tree」ボタンをクリックします。

12.すると、分子系統樹描画ウィンドウが表示されます。

13.分子系統樹描画ウィンドウの上部にあるボタンをクリックすると、系統樹の描画方法を変更することができます。

14.有根系統樹の例

15.無根系統樹の例