Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

次世代シーケンサ(NGS)配列の参照ゲノム上へのマッピング

次世代シーケンサ(NGS: Next Generation Sequencer)からのデータがすでに近縁種ゲノム塩基配列(参照ゲノム)が決定されているものである場合は、それらの配列が参照ゲノムに相同性を利用して、相同性がある場合は、その領域に由来する配列としてゲノム配列上に貼り付ける(マッピングする)ことができます。


ゲノムトラベラーを使用した NGCマッピング


ゲノムトラベラーは次世代シーケンサ配列データを参照ゲノムにマッピングすることを主たる機能とする新開発ソフトウェアです。異種のNGS Short Readおよびキャピラリーシーケンサからの配列などを混在させてマッピングすることができます。Paired Endのマッピングや、他のマッピングソフトウェア結果もインポートも可能です。また、IMCのアレイ版の機能の多くが搭載されているため、IMCのフィーチャーマップを並列に表示し、アレイ発現プロファイルとの比較や、既存注釈の参照、さらにアノテーションの追加・編集などができます。


メタゲノムギャンブラーを使ったNGSマッピング


インシリコバイオロジー社では、数年前からこの課題に取り組み、SOLiD、Solexa、454などの次世代シーケンサからの配列データを参照ゲノム塩基配列上にマッピングし、マッピングされた大量の短塩基長(フラグメント)配列と参照ゲノムのアラインメントをグラフィカルに表示するソフトウェアを開発し、販売しています。このソフトウェアMGG: MetaGenomeGAMBLERは、当初はキャピラリーシーケンサ出力配列のアセンブルプロジェクト支援用に開発され、メタゲノム解析もできるように改良されていたソフトウェアですが、この上にさらに、次世代シーケンサの出力配列をマッピングする機能を付加したものです。したがって、従来型のシーケンサ配列のアセンブル処理およびその結果の閲覧と同一の仕組みで次世代シーケンサ配列を扱える利点があります。


GenomeTraveler/MGGの動作環境


利用者は参照ゲノム塩基配列ファイルと、次世代シーケンサ配列の格納場所を指定するだけで直ちにマッピングを実行することが可能です。数千万件にもおよぶ大量の配列であっても、通常のMacやWindows PCで動作します。CPUやメモリーに余裕があれば、処理の速度や画面スクロールの速度は向上しますが、ノートPC程度の機器でも動作するため、手軽に次世代シーケンサデータ解析ができることになります。次世代シーケンサデータ解析をノートPC上で実行できることは、より多くの研究者や学生が直接データを解析し、それぞれの担当分野や研究目的に応じて、並行に研究を進められる利点につながり、膨大なデータをより効率的に解析することが可能となります。


マッピングできる次世代シーケンサデータは?



マッピング手法


参照ゲノムへのマッピングを通常のPCやMacで実現するために、ノートPC等での実行をスムーズに行うために、参照ゲノム塩基配列を利用者が指定する塩基長で等間隔に分断し、その分断された参照ゲノム部分ごとにマッピングを行っています。


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