Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

次世代シーケンサからの短塩基長配列を参照ゲノムにマッピングする

次世代シーケンサからの大量の短塩基長配列をゲノム塩基配列上に相同性を利用して由来する位置を同定し、貼りつけることをマッピングと読んでいます。


MGG:MetaGenomeGAMBLERを使う


MGG:MetaGenomeGAMBLER Professional Editionでは、次世代シーケンサからの大量の塩基配列を参照ゲノム塩基配列にマッピングすることができます。現在は、454、Solexa、SOLiDからの配列を読込ます。SOLiD以外のデータの場合は、通常のFastA形式の塩基配列ファイルやGenBank形式、あるいはABI/SCF形式の波形ファイルも混在させてマッピングが可能となっています。


マッピングする配列データ


Life Technology Appled Biosystems SOLiD

Roche (454 Life Science) Genome Sequencer FLX System

Illumina (Solexa) Genome Analyzer


性能



制限事項



入力データ



結果出力