Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

ABI/SCF形式波形ファイルを参照ゲノム塩基配列上にマッピングする

複数の異なるサンプル由来の波形ファイルを参照ゲノム上にマッピングすることにより、変異箇所を調べることができます。


MGG:MetaGenomeGAMBLERを使う


MGG:MetaGenomeGAMBLERは、大量のABI/SCF形式波形ファイルを参照ゲノム上にマッピングすることができます。MGGの場合は、参照ゲノム塩基配列の注釈を閲覧することができません。

この操作には、MGGのマッピング機能を使用します。


IMC:in silico MolecularCloningを使う


IMCもABI/SCF形式波形ファイルを参照ゲノム上にマッピングすることができます。IMCの場合は、GenBank/EMBL形式の注釈付き塩基配列上にマッピングが可能であるため、既知のフィーチャーを参照しながら、マッピングの状態を閲覧することができます。この操作には、IMCのABIマッピング機能を使用します。