Protocol 更新情報

2010/2/26 PL003

2009/11/4 PH003

2009/11/4 PH002

2009/8/12 PC002

2009/8/11 PC001

 

 

インシリコ実験プロトコル集


インシリコバイオロジー社開発および同社が販売するソフトウェアを使用してインシリコで行う実験のプロトコル集です。詳細ページにリンクしています。

各ページのプロトコルが完成次第公開いたします。工事中のページがあります。

なお、このプロトコル集はIMC/MGG なのチュートリアルとしても使用できるように、サンプルデータを示しています。


P No. 内容 Link
基本操作
PA001 インシリコ実験を開始する wiki
PA002 同一のコンピュータで複数の利用者が独立にインシリコ実験する  
PA003 複数の利用者で設定を共有する  
ゲノムを閲覧する
PB101 GenBank あるいはEMBLファイルを読み込み、そのフィーチャーマップを表示する Wiki
PB102 FastAファイルを読み込み、そのフィーチャーマップを表示する  
PB103 フィーチャーマップを印刷する  
PB104 フィーチャーマップを操作する  
PB105 GenBank あるいは EMBLファイルを閲覧する   
PB106 近縁種の参照ゲノム(1種)マップを表示し、操作する   
PB107 近縁種の参照ゲノム(2種以上)マップを表示し、操作する  
PB108 近縁種の参照ゲノム(2種以上)マップを印刷する  
クローニング操作する
PC001 環状ベクターの制限酵素による開環  
PC002 PCRによるゲノムDNAの増幅  
PC003 タグ付プライマーの設計とPCR  
PC004  プライマーへの変異導入とPCR  
PC005 塩基配列からのコピーによるPCRプライマー登録  
PC006 DNAの制限酵素による消化切断  
PC007 微生物全ゲノムDNAのレアカッターによる大型断片化  
PC008 DNA断片への制限酵素消化末端付加  
PC009 プライマーへの制限酵素認識配列付加  
PC010 フィーチャーマップ上で直接PCRプライマー設計  
PC012 反復配列やSNPsなど特定のフィーチャーを避けたPCRプライマー設計  
PC013 プライマーの任意の位置への制限酵素配列付加  
PC014 線状DNAのセルフライゲーションによる環状化  
PC015 直鎖化(開環)されたベクターへPCR増幅DNA断片のライゲーション  
PC016 制限酵素消化DNA断片のゲル電気泳動  
PC017 ライゲーション産物のインサート方向チェックに最適な制限酵素選定  
PC018 Blunting: DNA断片末端の平滑化 Wiki
PC019 DNA断片末端のリン酸化・脱リン酸化とライゲーション 動画
PC020 T Vectorの作成  
PC021 TAクローニング  
PC022 ライゲーション  
配列操作
PS001 ゲノム塩基配列からmRNA/cDNA塩基配列の抽出  
PS002 DNA断片あるいは染色体全体のGC含量プロファイルの測定  
PS003 DNA断片あるいは染色体全体のGCSkewの測定  
PS004 原核生物ゲノムから遺伝子領域(ORF候補)を抽出する(ストップコドン間)  
PS005 原核生物のORFをアミノ酸翻訳する(最初のスタートコドン同定)  
PS006 真核生物のcDNA塩基配列をゲノム塩基配列に貼り付ける  
PS007 複数のゲノム塩基配列中に、複数のcDNA塩基配列が貼りつくリストを作成  
PS008 クエリー配列をコピーアンドペーストしてホモロジー検索を実行する  
PS009 遺伝子コーティング領域(CDS)の相同性(BLAST)解析を行う  
PS010 注釈つきゲノム塩基配列の一部領域をFastAフォーマットでファイル出力する  
PS011 FastAアミノ酸ファイルから相同性検索用のデータベースを生成する  
PS012 他のゲノムに存在するCDSとのアミノ酸相同性を検索し、結果を地図に表示する  
PS013 ゲノムの一部領域の塩基配列を整形して印刷あるいはファイル出力する  
PS014 全遺伝子(CDS)のEC番号によるカラー分類表示する  
PS015 独自に設定した分類コードにより、ゲノムマップをカラー分類表示する  
PS016 インサートをもつプラスミドマップの描画と印刷を行う  
PS017 全CDSのコドン使用頻度(アミノ酸使用頻度)の表示 Wiki
PS018 1個のCDSのコドン使用頻度(アミノ酸使用頻度)表の表示  
PS019 DNA断片の塩基組成の検出  
PS020 1つの染色体上の反復配列を検出する  
PS020 遺伝子コーディング領域の塩基組成、アミノ酸組成の検出
相同性検索から分子系統解析
PH001 特定のフィーチャー(遺伝子)に相同な配列を検索する  
PH002 任意の配列からマルチプルアラインメントを行う  
PH003 相同性検索に引き続いて、マルチプルアラインメントを行う  
PH004 マルチプルアラインメント結果から分子系統樹を作成する  
プロファイル解析
PP001 CDSのアミノ酸配列のプロファイル(二次構造、疎水性プロットなど)を解析する  
PP002 塩基配列の塩基組成プロファイルを表示する  
PP003 任意の塩基位置に関連付けられた数値プロファイルを表示する  
検索する
PR001 各フィーチャーキーの登録数や位置を検索する  
PR002 制限酵素認識部位を検索する  
PR003 フィーチャーのキーワード検索を行う   
PR004 塩基配列・アミノ酸配列のパターン解析を行う  
PR005 塩基配列・アミノ酸配列の相同性検索を行う  
PR006 一括して、染色体上にある全遺伝子フィーチャーの相同性検索を行う   
比較ゲノム解析
PG001 2つの染色体間のDot Plot を作成する  
PG002 複数生物種由来の環状ゲノムマップを作成する  
PG003 Venn Diagram を作成する   
PG004 Genome Re-arrangement Map を作成する  
PG005 相同遺伝子を基準に複数ゲノムのアラインメントを行う  
PG006 染色体間の非相同領域を検出する  
シーケンシング・アセンブル
PK001 塩基配列フラグメントをアセンブルする  
PK002 複数のクローンのランダムショットガンデータを一括アセンブルする  
PK003 シーケンスフラグメントから低品質領域を検出し、その領域をマスクする  
PK004 ベクター配列を検出し、その領域をマスクする  
PK005 アセンブル結果を閲覧する(生成されたContigを閲覧する)  
PK006 Contigのコンセンサス配列をFastAファイル出力する  
PK007 Mate 情報を利用して、Contig同士の位置関係を表示する  
マッピング・リシーケンシング
PM001_1 次世代シーケンサ(ABI SOLiD)からの大量配列を既知参照ゲノム塩基配列上にマッピングする  
PM001_2 次世代シーケンサ(Solexa:illumina GenomeAnalyzer)からの大量配列を既知参照ゲノム塩基配列上にマッピングする  
PM001_3 次世代シーケンサ(Roche 454)からの大量配列を既知参照ゲノム塩基配列上にマッピングする  
PM002 マッピングする配列の範囲を指定して、マッピングする。  
PM003 マッピング対象配列の品質が指定基準以下の配列をマッピングに加えない。」  
PM004 ABI SOLiDのGFFファイルを読込み、そのマッピング結果を閲覧する。  
PM005 次世代シーケンサからのデータの統計値(塩基長分布、低品質領域分布など)をみる  
PM006 マッピングできなかった箇所(ギャップ)をすべてリストアップする  
PM007 マッピングできなかった箇所(ギャップ)を埋める  
PM008 処理を速くするために、マッピングされなかった配列を保存しない。  
PM009 参照ゲノム塩基配列からの変異部位を発見する  
PM009_1   ー 次世代シーケンサ配列のマッピング結果から  
PM009_2   ー ABI/SCFファイルのマッピング結果から  
PM009_3   ー cDNAファイルのマッピング結果から  
PM009_4   ー JSNPファイルのマッピング結果から  
PM010 マッピング・リシーケシング結果のCoverage Depthをプロットする  
PM011 cDNA の塩基配列ファイルをゲノム塩基配列上にマッピングする  
PM012 ABI/SCF 形式のシーケンスをゲノム上にマッピングし、その波形をアラインメントする  
PM013 SNPsファイルをゲノム塩基配列上にマッピングする  
フィーチャーを操作する
PF001 フィーチャーキーを登録・更新・削除する  
PF002 フィーチャーキーをフィーチャーマップに表示する(表示しない)  
PF003 フィーチャーキーの描画形状やカラーを変更する  
PF004 フィーチャーを登録・更新・削除する  
PF005 登録されたフィーチャーキーやフィーチャーの数を数える  
PF006 ファイルに記述されたフィーチャー情報をインポートし、フィーチャーとして登録する  
アノテーションを行う
PL001 アノテーションの準備を行う  
PL002 アノテーションのために、予め相同性検索を実行する  
PL003 遺伝子同定ソフトウェアなどの解析結果をとりこみ、フィーチャーとして登録する   
PL004 tRNAScan-SEのtRNA同定結果をインポートし、tRNAフィーチャーとして登録する  
PL005 別途実行したBLAST検索結果ファイルをインポートし、対応するCDSにリンクさせる  
PL006 アノテーションウィンドウを使って、アノテーション作業を行う Wiki
PL007 相同性検索の結果ヒットしたエントリーの注釈を自動転記する  
PL008 アノテノーション結果から不要なFeatureを除去する  
PL009 アノテノーション結果から不要なQualifierを除去する  
PL010 DDBJへの大量塩基配列データ登録用ファイルを作成する  
タイリングアレイ解析を行う
PQ001_1 Affymetrixタイリングアレイのプローブ情報を注釈つき塩基配列上にマッピングする   
PQ001_2 Agilentタイリングアレイのプローブ情報を注釈つき塩基配列上にマッピングする   
PQ001_3 Roche Nimblegenタイリングアレイのプローブ情報を注釈つき塩基配列上にマッピングする   
PQ002_1 Affymetrixタイリングアレイファイルを取り込む  
PQ002_2 Agilentタイリングアレイファイルを取り込む  
PQ002_3 Roche Nimblegenタイリングアレイファイルを取り込む  
PQ003 アレイ内のデータ補正を行う  
PQ004 アレイ間のデータ補正およびアレイ間演算を行う  
PQ005 (発現強度値)プロファイルを表示、操作する  
PQ006 発現プロファイルから簡易ピーク検出を行う  
PQ007 プローブレベルから遺伝子レベルへのデータ変換を行う  
PQ008 遺伝子レベル発現強度クラスタリングを行う  
パスウェイ解析を行う
PW001 メタゲノムアセンブル結果からパスウェイ解析を行う。KEGGにアクセスします。  
PW002 注釈付きゲノム塩基配列からパスウェイ解析を行う。KEGGにアクセスします。  
PW003 自動アノテーションを実行した結果からパスウェイ解析を行う。KEGGにアクセスします。  
配列を入手する
PX001 NCBI GenBankから配列を入手する  
PX002 Taxonomy Tree を利用して、NCBI GenBankから配列情報を入手する