MGGリリース情報

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MGGマッピング・リシーケンシング機能

大量の短い塩基配列断片(フラグメント)をシーケンンシングできる次世代シーケンサー(NGS)から出力されるファイルを使い、既知の近縁種ゲノム塩基配列上に、相同性によるマッピングを行い、それら大量のフラグメント塩基配列を対応するゲノム配列上に貼り付ける機能です。過去に長時間かけて塩基配列決定した同じゲノムを再度シーケンンシングするリシーケンシングも盛んに行われるようになってきています。

MGG

メタゲノムギャンブラーのプロフェッショナルエディションには、この次世代シーケンサーから出力される大量塩基配列のマッピング、リシーケンシングを支援する機能です。現在、以下の次世代シーケンサーからの出力データを処理することが可能です。

マッピング、リシーケンシング機能は、従来のサンプル管理、アセンブルの機能とは切り離され、別途新たな機能として実装されています。このため、従来の機能を使って、次世代シーケンサーのデータを品質チェックすることや、アセンブルすることはできません。

マッピング、リシーケンシングのために準備するデータは、次世代シーケンサーの出力データとしての塩基配列以外には、マッピングされるゲノム塩基配列(FastA)が必要です。この2種類のデータがあれば、直ちにマッピング、リシーケンシングを実行開始することができます。

次世代シーケンサーデータについては、実行の前に品質や塩基長などの分布統計を出力することができます。また、実行後にも、マッピング結果に関する統計が追加されます。

マッピングされた結果は、アセンブルウィンドウを開き、グラフィカルに閲覧することができます。レファレンスゲノム塩基配列とマッピングされたフラグメントのコンセンサス配列がアラインメント表示され、すべてのマップされたフラグメントとのアラインメントも表示されます。



レファレンスゲノム塩基配列とマッピングされたフラグメントのコンセンサス配列が一致しない箇所をリストアップし、そのギャップ領域をすぐに表示できます。また、マップされたフラグメント数が少ない箇所を抽出することも可能です。

マップされなかった残りのフラグメントを使って、マッピング条件を緩めて居所的な再マッピング処理を実行でき、この結果を最初にマッピングされた結果に追加することが可能です。

局所的再マッピングには、2つの方法があり、再マッピング領域の両端にマッピングされた2つのフラグメントからウォーキングすること、再マッピング領域のレファレンスゲノム配列に対して、相同性判定条件を緩めて、残りのフラグメントを再度マッピングする方法の2つから選択できます

レファレンスゲノムのどの領域がどの程度の厚さでカバーされたかを示すリダンダンシープロットを全領域に対して、ヒストグラム表示できるだけなく、この数値データを2種類の方法でファイル出力し、IMCにてコンテントマップ表示、およびアレイプロファイル表示することができます。